在某些實驗過程可能不明原因的無法得出滿意結果，此時，一個很好的試驗方法是用徠卡熒光顯微鏡檢查標本，如果在徠卡熒光顯微鏡下肉眼可看到熒光，則在徠卡共聚焦系統，其熒光信號應很亮。如果在徠卡共聚焦系統看不到圖像，一方面要檢查使用的熒光控針與儀器的激發波長是否匹配，另一方面應使用己知的測試樣本全部檢查共聚焦系統各部分。圖像的數字文件應適當編號，并為具體的實驗者所專用。尤其是在進行圖像命名時盡量少用姓氏作為文件名，這樣很容易混亂和重復。而且每幅圖像應詳細記錄各種采集參數，包括激光功率、增益、背底水平、針孔直徑、zoom值和使用的物鏡。

在使用徠卡共聚焦顯微鏡實驗本身的問題常常是由試劑的降解引起的，應進行一系列的診斷測試。實驗使用的試劑自己親自新鮮配制。抗體應等分為小份后分別儲存。許多試劑可以重復使用，而且并不影響實驗結果，尤其對于昂貴的試劑和稀有的試劑更應注意節約和盡量重復使用。

有時 實驗失敗可能是由于抗體降解引起的。陳舊的標本可造成背底熒光的增加，從標記的第二抗體分離出來的熒光色素和彌散到組織中的熒光色素，可以引起熒光滲透。在盡可能的情況下，應使用新鮮制備的標本觀察。有時改變熒光控針的濃度和分布也對獲得理想的實驗結果大有幫助。如熒光黃滲透到羅丹明通道，可將熒光團調使羅丹明位于較強的通道，因為熒光黃的激發光譜有一個尾部位于羅丹明的激發波長內。