真實色共焦顯微鏡與激光掃描共焦顯微鏡，二者在成像原理上基本是一樣的，*大不同之處是照明光源不同。1、激光掃描共焦顯微鏡激光掃描共焦顯微鏡的照明光源是激光，即單色光。其實際成像過程是根據被觀察物體對該單色激光的反射光的強弱來成像的。由于是單色光照明，不能分辨顏色，對于在同一試樣的同一視場內，顏色不同，但對該單色激光反射光強度相同的不同組織或成分不能分辨。容易產生同相異色，同色異相的現象，不利于對微觀組織和成分的正確分辨。2、真實色共焦顯微鏡真實色共焦顯微鏡的光源是氙光源，即白光。其實際成像過程是在白光照明的條件下，對物體形貌（包括顏色）進行綜合的成像。由于是多色光照明和成像，真實色共焦顯微鏡能夠更真實的反應物體的顏色和形貌，避免了激光掃描共焦顯微鏡產生的同相異色，同色異相的現象發生，觀察者可以通過顏色，分辨和判斷試樣的成分和組織。在這方面，其分辨率遠強于激光掃描共焦顯微鏡綜合分析：在有顏色差異的試樣的觀察條件下，真實色共焦顯微鏡避免了激光掃描共焦顯微鏡產生的同相異色，同色異相的現象發生，觀察者可以通過顏色，分辨和判斷試樣的成分和組織。在這種條件下，真實色共焦顯微鏡的分辨率高于激光掃描共焦顯微鏡。在單色試樣的觀察條件下，分辨率才接近各自的技術指標 
。然而，在實際觀察的試樣中，絕大多數不同的組織和成分都是有顏色差異的。對應于沒有顏色差異或顏色差異小的試樣，可以通過人為的染色（例如腐蝕處理），提高圖像的分辨能力。在這一方面，激光掃描共焦顯微鏡是無能為力的。另外，分辨率是在特定條件下所能達到的一項技術指標，當在實際使用中，不滿足該技術條件時（實際是常常不能滿足），其分辨率是達不到所給出的數值。下圖是鎳鉻合金在普通單色激光共聚焦顯微鏡中的成像，以及使用真實色共聚焦顯微鏡所成圖像的對比，其中紅圈內是不同的化合物摻雜，可以清楚看到用單色激光共聚焦顯微鏡所成的圖像，僅憑灰度是無法準確反應其中化合物摻雜的區別的，而真實色共聚焦卻可以清楚區分他們的不同。
